Beacon Designer軟件介紹
beacon designer可以幫助您設(shè)計生物實驗分析方案，可以讓您在制作一些生物模型的時候獲得更好的數(shù)據(jù)分析平臺，本軟件可以結(jié)合一些化學(xué)的公式使用，您可以在分析生物數(shù)據(jù)的時候加載一些化學(xué)的公式到軟件上標注，也可以將分析的生物數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為基因模型的方式查看;對于pcr引物設(shè)計方面的運用還是非常良好的，體用了多種生物反應(yīng)以及DNA引物的分析技術(shù)，讓軟件幫助您完成后期實驗數(shù)據(jù)的分析以及報告制作!
Beacon Designer軟件功能
1、FRET探針
FRET探針-設(shè)計出不含二聚體，重復(fù)序列和運行序列的最佳FRET探針，以確保信號保真度。
多重FRET探針和引物-檢查FRET探針是否與所有引物交叉雜交，以防止多重反應(yīng)競爭。
評估預(yù)先設(shè)計的FRET探針和引物-允許使用SYBR®green引物設(shè)計最佳的FRET探針。
算法-使用高度精確的SantaLucia最近鄰居計算Tm熱力學(xué)值。
圖形視圖-顯示探針二級結(jié)構(gòu)的圖形視圖。
2、Scorpions®底漆設(shè)計
Scorpions®Primer-設(shè)計最佳的標準引物，Scorpions®引物，Probe和Scorpions®，不含二聚體，重復(fù)序列和運行序列，可確保信號保真度。
等位基因識別-設(shè)計Scorpions®來檢測野生和突變等位基因。
MultiplexScorpions®和引物-檢查Scorpions®是否具有交叉同源性，所有引物可防止多重反應(yīng)競爭。
預(yù)先設(shè)計的Scorpions®引物-允許使用預(yù)先設(shè)計的探針/引物來設(shè)計最佳引物/探針和蝎子。
Tm計算-高精度發(fā)夾Tm計算。
圖形視圖-顯示設(shè)計的Scorpions®Primer的圖形視圖。
3、底漆設(shè)計
設(shè)計引物-設(shè)計針對SYBR®Green / Beacon /TaqMan®/ FRET /Scorpions®/ HRMA應(yīng)用優(yōu)化的引物對。
算法-使用高度精確的SantaLucia最近鄰居熱力學(xué)值計算引物Tm。
引物等級-根據(jù)引物效率對引物進行排名。根據(jù)引物的熱力學(xué)性質(zhì)和二級結(jié)構(gòu)篩選綜合標準引物。
自動引物多路復(fù)用-檢查引物池中的同源性，以減少引物二聚體。
預(yù)先設(shè)計的引物-允許將先前設(shè)計的引物用于信標，TaqMan®，F(xiàn)RET，HRMA和SYBR®Green分析。
避免模板的二級結(jié)構(gòu)-設(shè)計引物時自動避免模板中的二級結(jié)構(gòu)。
避免交叉同源性-通過自動避免使用BLAST發(fā)現(xiàn)的同源性來確保信號保真度。
引物擴增子和探針BLAST搜索-BLAST搜索引物，擴增子和探針以驗證設(shè)計的特異性。
SNP擴增用于信標，TaqMan®，F(xiàn)RET和HRMA化學(xué)試劑的引物旨在擴增SNP。 SYBR®Green引物的設(shè)計應(yīng)使區(qū)分等位基因的核苷酸位于其中一種引物的3'末端堿基處?？梢詫RMA分析設(shè)計為擴增SNP和所有其他類型的突變，例如取代，缺失，插入等。
一致的條件-運行中的所有引物均針對相同的PCR反應(yīng)條件進行了優(yōu)化。
4、爆炸搜索
選擇性cDNA擴增-通過設(shè)計跨外顯子/外顯子和外顯子-內(nèi)含子邊界的引物來避免gDNA污染。外顯子區(qū)域通過解釋GenBank標頭注釋來識別。也可以手動指定它們。
BLAST搜索-BLAST搜索整個序列，設(shè)計引物和擴增子以顯現(xiàn)特異性。
BLAST數(shù)據(jù)庫-使用獨立的BLAST搜索本地自定義數(shù)據(jù)庫，或直接連接到NCBI服務(wù)器以獲取公共數(shù)據(jù)庫。
重復(fù)和低復(fù)雜度區(qū)域-優(yōu)化BLAST搜索參數(shù)以在搜索NCBI可用的基因組數(shù)據(jù)庫時檢測重復(fù)和低復(fù)雜度區(qū)域。
BLAST結(jié)果視圖-提供在序列，引物對，擴增子和探針上搜索BLAST的結(jié)果視圖。
5、數(shù)據(jù)庫和數(shù)據(jù)管理
設(shè)計模式-Beacon和TaqMan®設(shè)計位于不同的模塊中：允許在運行時進行模式切換。
項目-創(chuàng)建多個項目。通過為每個實驗創(chuàng)建單獨的項目，可以輕松管理多個實驗的數(shù)據(jù)。
應(yīng)用程序數(shù)據(jù)庫-維護用于序列信息和搜索結(jié)果的本地數(shù)據(jù)庫。
Beacon Designer軟件特色
提供了多種引物的分析功能。
可以在生物序列上完成更多的基因分析。
支持使用基因突變的序列加載到實驗上分析。
支持使用DNA引物分析查看實驗數(shù)據(jù)的變化。
支持在生物分析上擴展數(shù)據(jù)的變化以及外部分子。
支持建立多種基因的序列分析。
可以幫助您測試氨基酸的研究數(shù)據(jù)。
可以讓您在分析生物序列的時候獲得更好的指標。
支持將測試的單核苷酸生成圖形顯示。
支持生物鏈的制作以及基因模型制作。
Beacon Designer更新日志
1.修改用戶提交bug
2.添加新功能
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